細胞核：原核細胞無核膜包被的細胞核，沒有染色體；而真核生物具有核膜包被的細胞核，含有至少一個染色體。
細胞器：原核細胞的細胞器只有核糖體；而真核細胞除了核糖體之外還有線粒體、葉綠體、高爾基體和溶酶體等細胞器。
增值方式：原核細胞是通過二分裂；真核細胞的增殖方式包括有絲分裂、無絲分裂、減數分裂。